Las arqueobacterias (también llamadas arqueas o bacterias antiguas) forman parte de un dominio diferente al de las demás bacterias, el dominio Archaea, debido a sus especiales características. Como las demás bacterias, son procariotas que carecen de orgánulos celulares en su interior, y se reproducen por fisión (consistente en la división del núcleo y del citoplasma para formar dos células hijas idénticas). Además, tienen una forma y un tamaño parecidos a los de las bacterias.
Sin embargo, las arqueobacterias son diferentes a las demás bacterias. No solo en la forma (existen algunas arqueobacterias planas y cuadradas), sino también en sus características bioquímicas y genéticas. La mayoría de las arqueobacterias tienen proteínas en la superfície de su pared celular, formando la llamada capa S, y su flagelo, a diferencia del flagelo de las bacterias, es un tubo vacío formado por subunidades que se añaden a la punta del flagelo. Además, las membranas celulares de todos los organismos tienen fosfolípidos, componente estructural de la membrana celular. Sin embargo, en las arqueobacterias, estos fosfolípidos son diferentes, ya que las enzimas que usan para sintetizarlo son diferentes, sus lípidos se unen al glicerol por enlaces más resistentes (enlaces éter), sus colas lipídicas tienen diferente estructura molecular y las bicapas lipídicas (membranas con dos capas de lípidos) pueden sustituirse por una monocapa. También se diferencian de las demás bacterias en su ADN, que es único y no está fragmentado.
Se distinguen varios tipos de arqueobacterias: las halobacterias (que viven en condiciones de extrema salinidad y se usan para curar a los peces), las metanógenas (que producen metano a partir de hidrógeno y sobreviven en el aparato digestivo de algunos animales y en los fondos de pantanos y ciénagas) y las termoacidófilas (que sobreviven en ambientes ácidos y cálidos a más de 60ºC).
Además, se puede afirmar, según estudios, que las arqueobacterias formaron parte de los primeros pobladores.
